施用有机肥，虽然肥效慢，但可有效避免化肥使用过程中产生的土壤结构改变、环境污染、影响人体健康等问题，因此有机肥又称环保型肥料。
神农田园所采用的是堆肥，是以鸡粪、猪粪、牛粪、秸秆、中药渣等为原料，配合使用EM菌，一起混合堆置，在通气条件下，EM菌发酵，堆内产生大量热量，温度升高（50-60℃），经过12-15天高温发酵杀死其中的病菌、虫卵和杂草种子。堆制中原料成分改变，碳氮比值降低，能被植物直接吸收的矿质营养成分增多，并形成腐殖质。
EM是一种好氧和厌氧有效微生物群，主要由光合细菌、放线菌、酵母菌和乳酸菌等组成。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化和促进植物生长等多种功能。用它处理堆肥，可以起到无害化作用。堆肥所用的鸡粪、猪粪、牛粪、秸秆、中药渣等原料都是经过严格检测的，保证其各项指标合格后才能使用。

 

 

长期施用有机肥，可增加土壤中有机质的含量，从而改善土壤物理、化学和生物特性，敦化土壤，培肥地力。此外，有机肥中含有多种糖类、氨基酸等物质，这不仅可为作物提供营养，而且可以促进土壤微生物的活动。这些都可促进整个土地形成一个良性的微生态系统。
高品质的有机肥，是神农田园生产高品质安全蔬菜的有力保证。